[青蓮院のサイト](http://www.shorenin.com/temple/)によれば、
> 徳川氏には豊臣氏滅亡後今の知恩院の全域を取り上げられました
とあり、地図を見てみるとたしかに知恩院と青蓮院はどちらも円山町にあって、境内が隣り合っている。
知恩院は浄土宗で青蓮院は天台宗のはずだがおかしいなと思い、良く読んでみると、
> 慈圓は、時代の流れにも積極的な理解と対応を示し、当時まだ新興宗教であった浄土宗の祖法然上人や、浄土真宗の祖親鸞聖人にも理解を示し、延暦寺の抑圧から庇護致しました。それ故、現在でも青蓮院は、浄土真宗との関係は深いのです。浄土真宗の祖親鸞聖人は、上記慈圓門主のもとで得度したため、青蓮院は同宗の聖地の一つとなっています。
[青蓮院の由緒](http://www.shorenin.com/info/)
というわけで、青蓮院門跡が慈円のとき、慈円が当時新興宗教であった浄土宗や浄土真宗を保護して、それが縁で現在の知恩院ができた、
と思われる。
ウィキペディアによれば
> 浄土宗徒であった徳川家康は慶長13年（1608年）から知恩院の寺地を拡大し、諸堂の造営を行った。造営は2代将軍徳川秀忠に引き継がれ、現存の三門は元和7年（1621年）に建設された。
[知恩院](http://ja.wikipedia.org/wiki/%E7%9F%A5%E6%81%A9%E9%99%A2)
とあるから、もともと青蓮院の境内に法然が草庵のようなものを構え、
その寺域を家康が青蓮院から分離して、今のような大伽藍を作った、ということなのだろう。
[知恩院のサイト](http://www.chion-in.or.jp/01_honen/hon_chio.html)の記述も参考にするに、
知恩院が浄土宗総本山としての地位を獲得したのは家康以来ということではなかろうか。